Google ではプライバシーの保護を重視しているため、サイトに関する特定の情報をお知らせしたり、Google のツール（たとえば URL のインデックス登録や削除をリクエストするツール）を利用できるようにしたりするためには、リクエストしている方がサイトの所有者であることをお知らせいただく必要があります。サイトの確認が PageRank や Google 検索結果でのサイトのパフォーマンスに影響することはありません。
サイトの所有権を証明するには、Search Console にサイトを追加し、手順に沿ってサイトを管理していることをご確認ください。サイトの追加方法をご覧ください。
なお、Search Console にログインする際は、カスタム検索に使用するのと同じ Google アカウントを使用してください。