Quando você verificar que possui um domínio (como exemplo.com) usando verificação de DNS, você comprovará que tem o controle do domínio de todos os subdomínios e de todos os sites nesses subdomínios.
Da mesma forma, se você verificou http://www.exemplo.com (usando qualquer método de verificação) e adicionar http://www.exemplo.com/teste, você será automaticamente verificado como proprietário de http://www.exemplo.com/teste. Você permanecerá um proprietário verificado do subdiretório, mesmo que mais tarde você exclua http://www.exemplo.com da sua conta de Ferramentas do Google para webmaster.