何の変化もありません。
出力先フィードは元の場所に残り、FeedBurner によって約 30 分おきに更新チェックが行われます。 出力元フィードの変更が検出されると、変更内容が FeedBurner に読み込まれ、FeedBurner で作成したフィードに、あらかじめ指定された方法で更新情報が渡されます。 端的に言えば、FeedBurner バージョンのフィードは外部へと公開されるフィードとなり、出力元フィードはパブリッシャーと FeedBurner だけが知っている非公開フィードとなります。